在新三板成為資本市場矚目的新星以后，資本市場效率理論全國中小企業股份轉讓系統有限責任公司正式在國家工商總局注冊登記。該資本市場公司于2013年1月16日正式揭牌運營——這是資本市場中國場外市場建設的標志性事件，同時也是全國場外市場從試點走向規范性運作的重要轉折點。

  從此，新三板正式由長長的學名變更為“全國中小企業股份轉讓系統”（下簡稱“股份轉讓系統”）全國性場外市場的運作管理機構也從原來的中國證券業協會變為系統公司，資本市場先前在新三板掛牌的公司也全部由系統公司承接。與此同時，國務院也加快了新三板試點邁向全國擴容的步伐。2013年12月14日發布的《國務院關于全國中小企業股份轉讓系統有關問題的決定》，資本市場標志著新三板從試點階段正式進入全國擴容實施階段。同年12月31日，股份轉讓系統正式面向全國受理企業掛牌申請。這表明，全國股份轉讓系統正式結束了在國家高新園區內的小規模、區域性試點，資本市場業務范圍覆蓋全國，已進入實質性操作階段。

  新三板面向全國受理掛牌申請后，在短短一個多月的時間內，掛牌企業實現了井噴式的發展。2014年1月24日，股份轉讓系統首批全國企業集體掛牌儀式在京舉行。資本市場這是《國務院關于全國中小股份轉讓系統有關問題的決定》之后，全國股份轉讓系統舉辦的首場集體掛牌儀式，而資本市場該掛牌儀式的廣受矚目，也標志著未來新三板10～15年蓬勃發展的春天真正拉開序幕。