財政總預算會計的財政性存款是財政部門代表政府所掌管的財政資金，財政存款包括國庫存款和其他財政存款。財政性存款的支配權屬于同級財政部門，由財政總預算會計負責管理和統一收付。

財政總預算會計在管理財政性存款中應當遵循以下原則：1．集中資金，統一調度各種應由財政部門掌管的資金，財政存款都要納入財政總預算會計的存款賬戶，并根據各項業務的進度撥付資金，以滿足計劃內各項正常支出的需要。實行集中資金，統一調度，一方面有利于資金周轉，提高資金的使用效益；另一方面又有利于明確職責，財政存款健全內部控制機制。2．嚴格控制存款開戶各級政府的預算資金除財政部有明確規定者外，都要由財政總預算會計統一在國庫或指定的銀行開立存款賬戶。不得在國家規定之外將預算資金或其他財政資金任意轉存其他金融機構。3．執行預算，計劃支撥財政總預算會計應根據人民代表大會通過的年度預算和經財政有關職能部門批準的單位季度分月用款計劃撥付財政資金，財政存款不得辦理超預算、無計劃的撥款。尤其在行政事業單位實行經費包干、財政總預算“以撥列支”的情況下，必須嚴格執行預算和用款計劃，財政存款以加強源頭控制。4．轉賬結算，不提現金財政總預算會計的各種支撥憑證，都只能用以轉賬結算，不得提取現金。財政部門是資金分配部門，不是財政資金的具體使用單位，采用轉賬結算，符合財政總預算會計的實際情況，也有利于保護國庫存款的安全。5．在存款余額內支付，不得透支財政總預算會計只能在國庫存款和其他財政存款余額內辦理支付。不得透支是金融管理的常規，也是管理財政資金的原則。不得透支，財政存款能夠使各級財政部門做好季節間的資金調度工作，確保財政收支平衡。