為了能夠很好地評價區域科技創新與科技金融之間的耦合協調程度，必須遵循科學性、系統性、層次性、適應性、指標體系可操作性原則構建耦合協調度評價指標體系。

由區域科技創新與科技金融的耦合關系分析可知，科技創新能力與科技金融發展水平分別是兩個子系統的綜合序參量。指標體系按科技創新活動的時間邏輯順序，科技創新能力包括研發資源配置水平與研發能力，同時技術擴散對科技創新全過程具有類似催化劑的重要推進作用。在計算綜合科技創新能力時，對子指標采用方差最大化法計算確定權重。科技金融可分為公共科技金融與市場科技金融，市場科技金融進一步細分為商業銀行、科技資本市場和風險投資，但由于我國目前尚未建立科技金融統計體系，統計口徑、統計指標存在較大年度差異，故選擇貸款余額與GDP比值作為科技金融發展水平的替代指標。