黨的十一屆三中全會標志著改革開放和現代化建設的開端，也推動了科技體制改革的開展，中國科技金融進入計劃體制下財政撥款階段。在此期間，財政撥款1977年科學和教育工作座談會和1978年全國科學大會意義重大。

在科學和教育工作座談會上，鄧小平同志指出：我們財政撥款國家要趕上世界先進水平，須要從科學和教育兩方面著手，須要有一個機構，統一規劃、統一協調、統一安排。在此之后，各地方開始對研究編制工作進行籌劃。1978年的全國科學大會審議通過《1978—1985年全國科學技術發展規劃綱要（草案）》，在此次大會上，財政撥款鄧小平同志提出了“科學技術是生產力”、“四個現代化，關鍵是科學技術現代化”等論斷。1982年，黨的十二大報告強調科學技術在促進經濟發展中具有重要作用，標志著中國歷史上首次將科學技術列為國家經濟社會發展的戰略重點。

在當時的經濟金融體制以及科技體制下，科技金融主要表現為行政計劃式的財政撥款方式，這一體制深受前蘇聯科技發展體系的影響。該財政撥款體系實行企業、院所、高校科研相互獨立，通過計劃方式開展科技項目和轉移科技成果。結合當時計劃經濟制度框架和國力有限的歷史條件，這一科技體制能夠在短期內集中科技人力物力資源開展科技創新活動。在這一體制下，科技金融主要通過財政科技撥款形式運作，依托行政系統安排對科學事業費、科技三項費用等進行分配下達。

隨著經濟體制改革的開展，中國開始以財政專項資金形式推進國家科技計劃，使財政科技投入國家科技戰略導向得到強化。1982年，中國以財政專項撥款的方式實施第一個國家科技計劃“國家科技攻關計劃”，該計劃解決了國民經濟社會發展過程中一批難度較高的技術問題，對國家科研能力的增強和技術基礎的改善起到了積極作用。隨后，依據科技和經濟社會發展需要，結合科技活動實際情況，財政科技撥款區分不同規模以及不同類型形式分別安排國家自然科學基金、財政撥款“863”計劃、火炬計劃、科技型中小企業技術創新基金等科技計劃。