從長遠的發展目標來看，新三板市場定位我國的資本市場要構建起以主板市場、中小板和創業板所在的二級市場、新三板市場、區域性股權交易市場、新三板市場券商之間柜臺交易市場等五個層次為主的多層次結構體系。各板塊間是平等的分工合作關系，以層次高低來描述各個板塊之間的關系并不準確。雖然不同資本市場在規模上有區別，但各個市場應該是一種平行并列的關系。設立不同的資本市場是為了滿足不同估值和特點的企業的發展需要，因此每一個資本市場都有自己獨特的市場定位，比如主板市場就是為大中型企業上市服務，而就目前而言，新三板位于第三層次，其市場定位是為非上市公眾公司提供股權交易平臺，從而形成一個高效便捷的企業融資平臺。需要注意的是，在整個資本市場結構中，創業板和新三板在某些方面有很多相似之處，兩者都服務于高成長型、創新型、科技型的中小企業，但是兩者之間還是存在一些差別。

  如果將企業按照生命周期來劃分，可以分為初創期、成長期和成熟期，新三板市場創業板更加側重服務于那些成長后期，接近成熟期的中小企業，而新三板則針對初創后期有產品、有技術、有持續經營能力、有一定盈利模式，接近于成長初期的中小企業，注重企業的經營模式、新三板市場成長空間和發展前景。在進行市場定位的時候，一定要明確區分開來，不要混淆在一起。

  此外，隨著新三板制度的不斷完善，尤其是轉板制度的引入，新三板市場幫助更多的企業實現了與IPO完全不同的道路上市。新三板成為了優質企業的孵化池，它可以為主板市場培育和提供更多優質的上市企業，并且完善了主板市場的退市機制。這也是新三板在發展過程中的一個重要定位。