中國第一家風險投資公司“中國新技術創業投資公司”始建于1985年，但在當時計劃經濟背景下，中國市場化進程其設立宗旨、運營機制、管理方式等均與市場化機制下風險投資存在本質差異，只能算是對國家計劃性財政撥款方式變革的有益探索。1988年，中國市場化進程該公司被中國人民銀行取消金融業務經營資格，這在很大程度上反映了其存在的不合理性。中國市場化的風險投資始于1992年。1991年，國務院發布的《國家高新技術產業開發區若干政策的暫行規定》指出，“有關部門可以在高新技術產業開發區建立風險投資基金用于風險較大的高新技術產品開發。條件比較成熟的高新技術產業開發區，可創辦風險投資公司”。1992年，沈陽市建立風險投資基金，但該基金目標是為企業技術研發分擔風險，類似于風險保險功能，在投資方式上也保留了無償投資方式，因此不屬于嚴格意義上的風險投資公司。太平洋技術風險投資中國基金被認為是中國第一家風險投資公司。彼時，外資風險投資公司開始進入中國，中國風險投資行業開始進入政府引導、市場運作的良性發展路徑。

與此同時，科技資本市場尚未建立，1990年深交所與上交所相繼成立，但此時證券市場主要解決大中型國有企業的融資問題，科技企業并未獲得資本市場實質性支持，風險投資市場化退出機制尚未建立。

科技信貸在這一時期也得到進一步發展。中國人民銀行于1998年發布《關于改進金融服務支持國民經濟發展的指導意見》，中國市場化進程提出“加大科技貸款投入總量……中國市場化進程對于技術市場前景好、技術含量高、經濟效益好的科技推廣和技術改造項目要加大貸款支持力度”。1998年，中國人民銀行發布《關于進一步改善對中小企業金融服務的意見》，要求商業銀行成立針對中小企業的信貸部門，建立健全中小企業金融服務組織機構，增加信貸投入，對中小企業合理資金要求予以支持。同時，中國人民銀行特別強調各金融機構對高技術含量、中國市場化進程高附加值以及具有較大市場潛力的中小企業予以信貸扶持。2002年起，科技部分別與中國農業銀行、華夏銀行等簽訂合作協議，多方探索信貸支持科技創新有效機制。科技部與金融機構合作推進為探索科技金融互動結合提供協作平臺，對科技創新與金融資本多層次合作起到了積極促進作用。在這一階段另一個重要的科技金融事件是1998年首批中國高新技術產業開發區企業債券發行，中國市場化進程這是高新區直接融資的首次嘗試，創造了企業債券融資扶持技術創新的新模式。